ID ska användas när elementet förekommer en gång. Class ska användas när element förekommer flera gånger. Om du ska skriva dokumentation och är orolig för hur läsaren kommer att reagera på att använda "#" vs. "." hur förvirrade kommer de då inte bli av alla andra selectors? Skriv hellre isåfall att för enkelhetens skulle använder vi oss enbart av klasser, även om det inte är rätt och det finns många andra sätt att träffa olika element med css:en.
IDn och klasser har även olika "vikt" (specificitet) vid arv och cascading.
Klasser kan, som tidigare nämnts, användas flera gånger och är då bättre att använda för generella saker som återkommer i sidan. T.ex. en paragraf med text som ska ha en viss färg, ett visst typsnitt, en viss bakgrundsbild och en viss storlek. Denna texttyp kanske man vill återanvända på flera olika ställen i sidan och då blir det snabbt omständigt med ID.
Om det finns en av dessa paragrafer som ska ha utseendet ovan men även en annan bakgrundsbild, ja då är det väldigt bra att kunna först ge paragrafen den generella klassen, och sedan ge den en flummig bakgrundsbild med en ID (det går såklart även med en till klass, men då måste man se upp vart i CSS:en man placerar klassen så den inte skrivs över).
Det finns även fler anledningar till att båda bör användas. T.ex. kan du länka till element med ett ID, men inte ett med en klass.
Slutsats: Båda behövs, lär ut rätt från början, annars gör du dem en björntjänst!
Här är några länkar där du kanske hittar lite mer info:
http://www.tizag.com/cssT/cssid.php
http://www.w3.org/TR/CSS21/selector....elector-syntax
http://css-discuss.incutio.com/?page=ClassesVsIds