Vill du göra grejer som inte går med enbart HTML så känner inte jag till många argument för att böka med t.ex. JS eller JAVA (om man inte talar om applikationer med specifika tekniska krav som t.ex. 3d motor).
Visst är det inte idealiskt för att presentera mängder med text, men sålänge du använder
progressive enhancement så är det inga problem ur seo eller tillgänglighetssynpunkt, så det är bara att köra om du tycker det tillför sidan någonting.
Dock finns det många fallgropar och sätt att göra icke användarvänliga applikationer med Flash.