padding-properties är inget du behöver akta dig för att använda. NN4 hade en hel del problem med dom som orsakade diverse konstiga fel och kraschad browser... men sen dess har det fungerat ok i alla populära browsers. Något som krånglade i IE4.* är att padding inte inkluderades i den beräknade bredden/höjden för elementet och man därmed får en container som är ett par pixlar fel i bredd/höjd (samma sak gällde i IE5 för margin).
Jobbigaste buggarna för tillfället är IEs problem med position:fixed och margin:auto om du frågar mig
Ett par trevliga länkar:
CSS pointers group, bugs and workarounds
CSS browser support
CSS2 W3C recommandation